در حاشيه غربي خيابان هاتف و مقابل كوچه امامزاده اسماعيل بناي امامزاده جعفر به صورت برجي ۸ ضلعي بنا شده است. اين عمارت كوچك بسيار زيبا كه يكي از محققين آن را با صفت دلفريب توصيف مي كند نمونه اي كامل از مقابر و آرامگاه هائي است كه در دوره حكمرانان مغول در ايران ساخته مي شد. اين بنا در سابق گنبدي هرمي شكل داشته كه اكنون از ميان رفته است. در قسمت نماي خارجي گنبد يك جفت كتيبه وجود دارد. اولين كتيبه به خط ثلث سفيد معّرق بر زمينه لاجوردي نوشته شده و شامل آيه الكرسي است كه در آخر آن تاريخ ۷۲۵ هجري قمري آمده است. در بالاي اين كتيبه،‌ كتيبه ديگري به خط ساده كوفي بر زمينه فيروزه اي شامل آياتي از قرآن مجيد است. برلوحه بالاي در ورودي امامزاده جعفر با خط ثلث سفيد معرق بر زمينه كاشي لاجوردي صلوات بر چهارده معصوم نوشته شده است.

براساس سنگ قبرامامزاده، صاحب مرقد جعفر بن سيد مرتضي است و نسبت او به حسن بن حسين بن محمد بن حسين (ع) مي رسد. براساس سنگ قبرامامزاده، صاحب مرقد جعفر بن سيد مرتضي است و نسبت او به حسن بن حسين بن محمد بن حسين (ع) مي رسد.